Aos 68 anos, o general de reserva do Exército, Joaquim Silva e Luna, que desde 2015 detinha o cargo de secretário-geral do Ministério da Defesa, passa a comandar oficialmente a pasta. Segundo o governo federal, a escolha serve para reforçar a articulação entre as Forças Armadas (Exército, Marinha e Aeronáutica) e a Defesa com outras áreas do país, estabelecendo políticas públicas como a Estratégia Nacional de Defesa, aprovada em 2008.
O ex-deputado federal Raul Jungmann (sem partido-PE) comandou o Ministério da Defesa de maio de 2016 a fevereiro de 2018, quando foi instituída a Intervenção Militar no estado do Rio de Janeiro e a consequente criação do Ministério Extraordinária da Segurança Pública..